目前治疗肾结石、输尿管结石的措施有非手术治疗及手术治疗，较小的结石（小于0.6cm）可采用解除疼痛及促进结石排出的药物进行非手术治疗，小于0.4cm的结石绝大部分能自行排出。对于较大的结石，根据结石的不同部位，治疗结石的手术方式也可不同。
　　对于发作时间短，结石体积不大，肾积水轻的肾结石或者输尿管上段结石，可以采用体外冲击波碎石术。体外冲击波碎石治疗的目的是将结石粉碎，使之易于排出，病人必须定期到医院复查进行随防，一直随防到结石完全排出为止。建议体外冲击波碎石治疗治疗次数不超过2次，每次体外冲击波碎石间隔的时间以10～14天为宜。
　　对于中下段输尿管结石的治疗，目前最主要的治疗措施是输尿管镜下钬激光碎石术治疗。输尿管镜通过尿道逆行进入输尿管内，发现结石后采用钬激光将结石粉碎，可以立即解除梗阻，保护肾功能。由于是经自然腔道内手术，术后无疤痕，恢复快。
　　较大的肾结石或者输尿管上段结石可采用经皮肾镜碎石取石术。手术时医生利用B超或X线定位，经腰部皮肤用细针穿刺到患者肾脏内，经过扩大至0.5cm左右的穿刺通道，用钬激光将结石粉碎，并吸出体外。在大型三甲医院，这项技术已经完全代替了传统的开放性手术，具有创伤小，仅0.5cm创口，恢复快的优点。
　　对于小于2cm的肾结石或者输尿管上段结石，现在可以采用输尿管软镜碎石术。输尿管软镜是一项新兴的腔镜技术，镜体纤细柔软 ，镜体末端可上下弯曲180度至275度。由于输尿管软镜镜体纤细柔软，能大角度弯曲，钬激光也具有随意弯曲的性能，因此二者结合治疗肾结石或输尿管结石时，无须开刀打洞，直接通过尿道、膀胱、输尿管等自然通道进入，可到达肾脏内任何一个盏内，轻松找到石头，安全和几乎无创伤地将石头彻底粉碎。