怀疑肺结核时常常需要进行痰病原学检查，主要是痰涂片和痰培养检查，叙述如下：
　　一、直接镜检法，也成涂片法
　　标本中直接找到抗酸杆菌是确诊肺结核的最主要的依据，标本来源可以是：痰液、超声雾化导痰、下呼吸道采样、支气管冲洗液、支气管肺泡灌洗液（BALF）、肺及支气管活检标本以及脑脊液、腹水等，后二者的阳性率较低，约在5％～10％间。痰标本采集一般取就诊时咳出的即时痰、清晨深咳出的清晨痰、就诊前夜间咳出的夜间痰。痰标本应以脓样、干酪样或脓性粘液样性质的痰液为合格标本。痰量为3ml～5ml。痰标本采集的时间、痰标本质量好坏和是否在使用抗结核药等均直接影响结核菌的检出。晨痰涂片阳性率比较高。当患者痰少时，可采用高渗盐水超声雾化导痰。
　　涂片检查采用萋-尼抗酸染色和荧光染色法，后者敏感性较前者高。集菌法阳性率高于直接涂片法。涂片染色阳性只能说明抗酸杆菌存在，不能区分是结核菌还是非结核分枝杆菌。由于我国非结核分枝杆菌病较少，故检出抗酸杆菌对诊断结核病有极重要的意义。直接涂片方法简单、快速，应作为常规检查方法。涂片阴性不能排除肺结核，连续检查3次以上,可提高其检出率。
　　萋-尼氏染色法在显微镜物镜100×所见结果按下列标准报告：阴性(-)：0条/300视野；可疑(+)：1~2条/300视野；(1+)：3~9条/100视野；(2+)：1~9条/10视野；(3+)：1~9条/每视野；(4+)：>10条/每视野。荧光染色抗酸杆菌在显微镜物镜20×检查结果按下列标准报告：阴性(-)：0条/50视野；可疑(+)：1~3条/50视野；(1+)：10~99条/50视野；(2+)：l~9条/每视野；(3+)：10~99条/每视野；(4+)：>100条/每视野。
　　二、分离培养法，简称培养法
　　采用直接镜检法的标本进行培养，灵敏度高于涂片镜检法，可直接获得菌落，便于与非结核分枝杆菌鉴别。未进行抗结核治疗或停药48-72小时的肺结核患者可获得比较高的分离率。分离培养法采用改良罗氏和BACTEC法，前者所需时间较长，一般需培养4-8周。培养结果报告方式如下：分枝杆菌培养阴性：斜面无菌落生长；实报菌落数：菌落生长不足斜面面积的1/4；分枝杆菌培养阳性（1+）：菌落生长占斜面面积的1/4；培养阳性（2+）：菌落生长占斜面面积的1/3；培养阳性（3+）：菌落生长占斜面面积的1/2；培养阳性（4+）：菌落生长布满整个斜面。