巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，是子宫内膜种植在卵巢上的一种现象，虽然不是肿瘤，但造成的影响不小，特别是生育方面的困难。因此在处理时要充分考虑生育的问题，很多没经验的医生常常忽略这个问题，要么处理不及时而延误生育功能，要么就处理过分。造成很多患者术后卵巢功能下降或者容易复发。这些结局有时是无法挽救的。巧克力囊肿手术是一个非常困难的手术，必须要由有相当丰富经验的医生做，手术者不但要有娴熟的技术，还要有相当大的耐心。患者在选择医生时要慎重。