肛瘘的治疗，分为非手术治疗和手术治疗。非手术的药物治疗主要是控制感染、减轻症状、控制发展，但不能彻底治愈，或一时治愈，很容易复发。基于肛瘘的病理解剖特点，其是不能自愈的，手术是治疗肛瘘的唯一方法，而正确处理内口，清除感染的肛门腺、瘘管顶端及残腔是手术成功与否的关键。

　　肛瘘的手术方法很多，目前常规的处理瘘道的基本方法总结起来有两种即：瘘道切开和瘘道剔除。在此基础上加以缝合术和(或)挂线术即可组成不同的手术方式，包括单纯肛瘘切开术、瘘道切开加挂线术、瘘道切开加缝合术、瘘道切开加挂线加缝合术、单纯瘘道剔除术、瘘道剔除术加缝合术。

　　其他相关挂线术式：内口切开，同期多侧挂线法、药线引流术、立体挂线法、隧道式拖线术、改良式切开挂线术、挂浮线(即虚挂法)。还有其他方法如直肠粘膜瓣推移术、纤维蛋白胶封闭法、还有目前国际上热炒的LIFT微创术。

　　目前有部分肛肠医师甚是自负，总认为肛门手术很简单，患者一来，未经详细检查就手术，结果术中下不了台，或者术后不愈合，或者出现其他并发症。所以对瘘道是切开还是剔除、是否挂线、是虚挂还是实挂、是否缝合成为手术中处理肛瘘的需要考虑的问题，也是我们是否能成为优秀肛肠医生的关键。