肛门疼痛的主要原因有(1)炎性外痔或/和血栓性外痔。(2)混合痔内痔脱出嵌顿。(3)肛裂。(4)肛周脓肿。(5)肛瘘感染。(6)肛窦炎。(7)肛管直肠肿瘤(肛管癌，肉瘤，恶性黑色素瘤)。比较少见，容易漏诊。(8)自发性肛门疼痛，原因不明，与局部炎症及情绪有一定关系。