肛瘘的患者都有自己切身的体会与痛苦。一旦肛瘘形成，自愈的机会很少，瘘管复杂后，带来许多麻烦与一定的危害性。
　　（1）长期流脓水，污染内裤，肛门潮湿，且使局部皮肤瘙痒，非常痛苦，影响工作和休息。
　　（2）长时间不做正确治疗会使身体虚弱或消瘦，精神不振，抗病能力减弱。
　　（3）由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且还会影响肛门的正常生理功能。
　　（4）肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘或直肠膀胱瘘，危及周围脏器。
　　（5）由于长时间的慢性刺激，久而久之，肛瘘会有恶变倾向。