肛瘘因有单纯肛瘘与复杂肛瘘，高位肛瘘与低位肛瘘，故不同的肛瘘施行的手术方式也不同，手术后的创面大小亦不同。通常对低位单纯肛瘘施行手术后，创面在10平方厘米以内，经正确、熟练地常规换药及其他综合治疗，大约需要30天才能完全愈合。而高位复杂性肛瘘，一般手术创面的修复时间大约需要50天。如果在创面修复期间，因对使用的某些药物过敏，出现湿疹样改变或多次修剪生长过快的多余的肉芽组织后，创面的修复则要延迟一周左右。如果过敏源未去除，创面又未及时使用抗过敏药膏，那么就会明显延迟创面的愈合时间。另外，如果病人体质虚弱，创面的修复时间也会延长。