治疗总的方法不外乎内治、外治两种。内治法根据不同的症状进行对症治疗。外治法以药物外用，加熏洗、肛内塞药等及结扎、挂线、手术等为主。经过多年的临床经验，认为初期阶段先行内治及外治结合治疗，经治疗后效果欠佳，而病情进一步发展，如局部肿痛范围扩大，甚至出现高热、寒战、烦渴等，尚未破溃流脓的话，必须行手术，切开排脓或者一次性根治术，以免感染源存在造成感染灶扩散蔓延。因此，不应该依赖抗生素过度的采用保守治疗而错过行手术治疗的最佳时机。所以，肛周脓肿在初期可以考虑以内治法为主，配合外用药物治疗，而当病情加重，症状比较明显时，以手术治疗为主，再配合内服及外用药物，取得较好的满意的效果。