目前用于慢性乙型肝炎抗病毒治疗的药物有干扰素类和核苷类药物两类。干扰素有短效干扰素和长效干扰素，短效干扰素需隔1-2天治疗一次，而长效干扰素（聚乙二醇干扰素）只需每周治疗一次。短效干扰素目前生产厂家较多，而聚乙二醇干扰素目前在我国上市只有两家：商品名为派罗欣、佩乐能；核苷类药物目前我国上市有4种，拉米夫定(商品名：贺普丁)、阿德福韦(商品名：贺维力、代丁、名正)、恩替卡韦(商品名：博路定)和替比夫定(商品名：素比伏)。两类药物各有优缺点。干扰素和核苷类药物两者对乙肝病毒都有抑制作用，而干扰素除抑制乙肝病毒外，还有抗肝纤维化、免疫调节和直接抗病毒作用。

　　核苷类药物：对绝大多数病人来说都有很强的病毒抑制作用，短期内能很快地抑制乙肝病毒复制，而且服用方便，每天只需一次（一片），副反应极少，绝大多数病人都能接受，但对“大三阳”转为“小三阳”作用很慢，疗效不稳定，服药时间长，疗程不确定，易出现耐药和停药后反弹，因此，必须在医生的指导服用，不能随便停药。

　　于扰素：疗程确定，为6～12个月，治疗目的也明确：治疗后“大三阳”转为“小三阳”、DNA转阴、血清转氨酶恢复正常，停药后疗效相当稳定。但干扰素需皮下或肌肉注射，使用和保存起来都不是很方便，而且或多或少会有些副作用，最常见的是治疗期间头发比平常多掉一些。由于干扰素是通过激发病人的免疫力而获得疗效，因此每个人对干扰素的反应不一样，疗效差别也较大，一个疗程下来能全部达到“大三阳”转为“小三阳”、DNA转阴、血清转氨酶恢复正常3项指标者只有约50％病人，即使再用一个疗程也只有70％～ 80％的疗效。