复杂性尿路感染与许多因素有关，而这些因素增加细菌感染的机会，同时降低治疗效果。复杂性尿路感染患者通常尿路结构和功能有异常，患者的抵抗力下降或者细菌的毒力增加及耐药菌的出现，而且复杂性尿路感染的患者绝大多数是男性。

        与复杂性尿路感染有关的因素包括：尿路功能和结构异常；男性；妊娠；老龄；糖尿病；免疫抑制；儿童期尿路感染；近期应用抗生素；留置导尿；尿道器械操作；医院内获得性感染；临床表现超过1周。