克罗恩病有复发倾向，即使手术后复发率仍高。因此，在大多数情况下，克罗恩病都以内科治疗为主，只是在以下几种情况才考虑手术治疗：1、内科积极治疗（数月）无效的难治性患者；2、具有严重并发症，包括肠道狭窄所致肠梗阻、肠穿孔、瘘道、消化性慢性失血或大出血（内科保守治疗无效时）、中毒性巨结肠、腹腔内感染并有脓肿形成或癌变等；3、营养不良经内科治疗无效，尤其是青少年患者发生生长发育停滞时。

　　据报道，克罗恩患者在切除术后，多数患者也会有内镜或临床症状的复发表现，术后1年内镜复发率约为28％-73％，症状复发率约为50％。因此，术后预防复发极为重要。

　　研究显示，6-MP或AZA可有效预防克罗恩病术后复发，术后2-4周开始使用AZA与甲硝唑联合治疗，3个月后结肠镜发现内镜下复发率为34.3％，而对照组为52.6％。1年后结肠镜下复发率为43.7％，而对照组为69％。但由于大多数患者对AZA不耐受，所以限制了它的临床应用。随着生物制剂越来越广泛的应用，术后2-4周使用英夫利西单抗（5mg/kg,于0，2，6周各一次，然后间隔8周使用1次）成为了较佳的选择。1年后与对照组相比：内镜下黏膜炎症分级明显降低，内镜下复发率与组织学炎症复发率明显优于对照组。CDAI积分也处于较低的水平。最新的研究显示，术后2-4周立即给予英夫利西单抗治疗的患者与术后复发再使用的患者来说，复发率明显降低，临床缓解率有显著性提高，3年随访完全的黏膜愈合率也有显著提高（72％VS20％)。而且相对于AZA来说，副作用也较小,与安慰剂组没有明显差异。除药物预防复发外，患者应严格避免吸烟及服用NSAIDs类药物等危险因素。