便秘特别是顽固性便秘是十分令人痛苦的，在积极的内科药物治疗仍然无效时，外科处理可以是一个选择。
　　医师通常会让你去做结肠传输实验，通过吞下标记物，检查不同时间标记物在结肠内的运动情况，了解结肠传输时间。在有十分严重的结肠传输时间延长的便秘，并且对于内科治疗无效，才考虑手术治疗。
　　手术前必须排除引起便秘的其他原因，如：先天性巨结肠、脱肛（直肠脱垂）、盆底功能失调、假性肠梗阻等等。
　　手术如果选择部分结肠切除（乙状结肠切除、左半结肠切除等等）只能短时间改善症状，便秘复发比较常见，治疗效果不好。
　　推荐的手术治疗方法是结肠次全切除回肠直肠吻合，手术效果满意度在90％ （13个临床报告362例病人的结果分析）。
　　注意手术目的是解决便秘，效果十分明显。有时腹痛与腹部刺激症状不一定能完全消除。并发症可能有腹泻、腹痛、肠麻痹等可能有。