依据世界卫生组织（WH0）推荐的诊断要点，在排除肠结核、阿米巴痢疾、耶尔森菌感染等慢性肠道感染、肠道淋巴瘤、憩室炎、缺血性肠炎及白塞病等疾病的基础上，可按下列标准诊断克罗恩病。――排除其他疾病是诊断克罗恩病的前提
　　WHO的诊断标准是：
　　①非连续性或区域性肠道病变；――也就是我们说的节段性病变
　　②肠粘膜呈铺路卵石样表现或有纵行溃疡；
　　③全层性炎性肠道病变，伴有肿块或狭窄；――在不做手术的情况下，CT、核磁上提示肠壁增厚也可以
　　④结节病样非干酪性肉芽肿；――这是病理上最典型的表现，但是肠镜取得标本很少能看到
　　⑤裂沟或瘘管；
　　⑥肛门病变，有难治性溃疡、肛瘘或肛裂。
　　具有WH0诊断要点①②③者为疑诊，再加上④⑤⑥3项中之任何一项可确诊。有第④项者，只要加上①②③3项中之任何两项亦可确诊。