一、肝细胞癌（HCC）：占原发性肝癌的90％以上，是最常见的一种病理类型。
　　1）大体分型：可分为结节型，巨块型和弥漫型；也可以参考中国肝癌病理研究协作组1977年制定的“五大型六亚型”分类。对瘤体直径＜25px称为微小癌，1-3cm称为小肝癌，3-125px称为中肝癌，5-250px称为大肝癌，＞250px称为巨块型肝癌，而全肝散在分布小癌灶(类似肝硬化结节)称为弥漫型肝癌。目前，我国的小肝癌标准是：单个癌结节最大直径≤75px；多个癌结节数目不超过2个，其最大直径总和≤75px。小肝癌除了体积小，多以单结节性、膨胀性生长为主，与周围肝组织的分界清楚或有包膜形成，具有生长较慢、恶性程度较低、发生转移的可能性小以及预后较好等特点。
　　2）组织学特点：以梁索状排列为主，癌细胞呈多边形，细胞质嗜酸性，细胞核圆形，梁索之间衬覆血窦，也可出现多种细胞学和组织学上的特殊类型，若出现假腺管结构可类似肝内胆管癌和转移性腺癌，需要注意鉴别。癌细胞的分化程度，可以采用经典的Edmondson-Steiner肝癌四级分级法，或分为好、中、差三级。
　　3）代表性免疫组化标志物：肝细胞抗原(Hep Par1)示细胞质阳性，多克隆性癌胚抗原(pCEA)示细胞膜毛细胆管阳性，CD34示肝窦微血管弥漫性分布，磷脂酰肌醇蛋白-3 (GPC-3)通常在HCC癌细胞的细胞质内表达。对于小病灶的肝活检组织病理学检查,应由经验丰富的病理学家实施和评估；可以进行GPC-3，热休克蛋白70 (HSP)和谷氨酰胺合成酶(GS)染色，如3项中有2项阳性可以诊断为HCC。
　　二、肝内胆管癌(ICC)：较少见，起源于胆管二级分支以远肝内胆管上皮细胞，一般仅占原发性肝癌的Q5％。
　　1）大体分型：可分为结节型、管周浸润型、结节浸润型和管内生长型。
　　2）组织学特点：以腺癌结构为主，癌细胞排列成类似胆管的腺腔状，但腺腔内无胆汁却分泌黏液。癌细胞呈立方形或低柱状，细胞质淡染，胞浆透明，纤维间质丰富，即癌细胞周围含有较多的纤维组织。也可出现多种细胞学和组织学上的特殊类型，若出现梁索状排列可类似肝细胞癌，需要注意鉴别。癌细胞分化程度可分为好、中、差三级。
　　3）代表性的标志物：免疫组化检查细胞角蛋白19(CK19)和粘糖蛋白-1(MUC-1)，可显示细胞质阳性。
　　三、混合型肝癌：即HCC-ICC混合型肝癌，比较少见，在一个肝肿瘤结节内，同时存在HCC和ICC两种成分，二者混杂分布，界限不清，分别表达各自的免疫组化标志物。
　　四、其他类型。原发性肝癌中还有些少见类型肝癌，如透明细胞型、巨细胞型、硬化型和肝纤维板层癌（Fibrolamellar Carcinoma of Liver，FLC）等。其中，FLC为HCC的一种特殊和少见的组织学亚型；其特点是多见于35岁以下的年轻患者，通常没有乙型肝炎病毒感染及肝硬变背景，恶性程度较HCC低,且肿瘤常较局限，因此本病通常可有手术切除的机会,预后较好。肿瘤大多位于肝左叶，常为单个，境界清晰，边缘呈扇形质地硬，剖面见纤维间隔横贯瘤体；镜下可见：瘤细胞呈巢团状，部分呈相互吻合的瘤细胞索，周围有致密的纤维组织呈板层样包绕，瘤细胞较大，呈立方形或多角形，胞浆丰富，呈强嗜酸性，核仁明显，瘤组织内血窦丰富。