关于肛瘘的发病机制，即瘘道长期不愈的原因，至今尚缺乏准确的解释。传统的说法归结为多方面团素，即内口部位肛隐窝感染持续存在;瘘道弯曲狭窄，引流不畅;瘘道管壁瘢痕组织增生，血液循环不良;脓液、粪渣不断进入瘘道;外口闭合过早，感染复发等。特别强调持续感染的内口为其主要原因。我们通过对48例患者术中肛瘘瘘道的观察研究，认为应特别重视肛门括约肌在肛瘘发病机制中的病理作用。

　　1、瘘道是长期引流脓液的结果，其本身并不是形成瘘道的原因。肛瘘慢性瘘道的形成，与外科常见的其它慢性窦道一样(如慢性骨髓炎)，是由于存在着一个慢性持续感染灶，长时间脓液自行引流的结果。只要我们把此感染灶消除，窦道会自行愈合。反之，试图单纯消除窦道，无济于事，这已为临床实践所证明。本组48例中，75％的病人肛门括约肌外的脓肿已完全消失，仅留一个慢性瘘道;25％的病人肛门括约肌外有残留脓腔，主要是因为病史短，引流瘘道尚未最后形成所致。

　　2、隐窝肛腺是肛周脓肿的起始感染部位，而不是持续存在的慢性感染灶部位。多数肛周脓肿始于隐窝肛腺感染，已被公认。而在肛瘘形成过程中，隐窝肛腺由于炎症破坏，纤维组织增生，其原来的解剖结构已完全消失，或成为瘘道一端的比较通畅的开口，在直肠粘膜上呈一小凹陷;或增生为稍突向直肠腔内的小乳突状内口。病程越久，这种改变就越加明显。我们的观察证明，肛瘘的慢性感染灶(区)并不是已不复存在的原肛隐窝、肛腺组织。

　　3、肛门括约肌在肛门瘘发病机制中的病理作用。在肛瘘形成的原因中，张庆荣氏曾提出肛瘘内口下方常有狭窄，引流不畅。本组48例慢性感染区均位于肛门括约肌肌内或肌间以及直肠壁内，局部表现可分为三种类型，但基本表现是局部狭窄的瘘道及狭窄内侧(肠腔侧)的慢性感染、脓肿区。肛周脓肿自溃或切开引流术后不能彻底引流这一区域的感染，既使原隐窝肛腺由于感染破坏，已经失去了易于感染的解剖结构以后，这个慢性感染灶也不能消除，其原因正是肛门括约肌是阻碍局部通畅引流，从而形成慢性感染灶的重要因素。

　　4、当隐窝肛腺感染导致肛周脓肿时，由于炎症及疼痛刺激，引起肛门括约肌痉挛性收缩，尤其在炎症局部，这种痉挛性收缩更为明显。这样就把脓腔分割成哑铃形三个部分，即肛门括约肌外侧的大脓腔，内侧的小脓腔和肛门括约肌肌内或肌间的狭窄弯曲、不规则的通道和脓肿。通常的脓肿切开引流术仅仅使外侧的大脓腔得到引流，而对后两者来说，由于痉挛的括约肌的影响，引流不畅，炎症不能被控制，于是成为一个慢性感染区。

　　所以这个慢性感染区并不是隐窝肛腺，而是位于直肠壁内、肛门括约肌肌内或肌间的局部狭窄及脓肿区。局部肛门括约肌痉挛，导致慢性感染区形成;而慢性炎症的刺激，反过来使局部肛门括约肌持续处于痉挛收缩状态，成为恶性循环。久之，局部肛括约肌组织纤维瘢痕化，使该处最后成为一个不可逆转的、不规则狭窄通道及其内侧的持续慢性感染区。至此，肛瘘的病理演变过程全部完成。总之，根据我们对肛瘘发病机制的看法以及临床实践，瘘管位于皮下，不穿经肛门括约肌的肛瘘是不存在的。