对于那些保守治疗无效，或者就诊时已经超过保守治疗的年龄，确诊为先天性肌性斜颈的孩子则需要手术治疗。
　　目前比较公认的适宜手术年龄为1-2岁，超过2岁斜颈会导致一些继发畸形，例如：面颊不对称，眼睛斜视等。并且，这些继发畸形，会随着年龄的增长而继续加重，并且即时做了手术，在手术之后，也难以恢复正常，给孩子带来终身的遗憾。所以，建议家长在孩子确诊为先天性肌性斜颈之后，要及时地联系医生，选择手术治疗。
　　一般来说，在适宜的手术年龄范围之内，手术时年龄越小，斜颈继发的畸形越轻，手术效果越好。
　　目前有以下几种手术方法：
　　1、单极切断法：将患侧胸锁乳突肌的止点（包括胸骨头和所骨头两个止点）切断松解。适宜手术年龄段的孩子都可以采用该方法。
　　2、双极切断法：将患侧胸锁乳突肌的起止点都切断（包括胸骨头、锁骨头两个止点，以及乳突头的起点，两个止点为一极，起点为一极）。适宜于年龄较大的患儿，例如6岁以上的孩子。
　　3、肌肉延长法：为了保留胸锁乳突肌的轮廓，保持较好的外观，有的医生选择将短缩的胸锁乳突肌予以延长。但是，有的医生认为该方法复发的风险较大。
　　上述手术方法，需要根据患儿的情况，手术医生的情况，来选择一种比较理想的方法。三种手术方法，都比较安全，手术效果满意，手术的主要风险是血管和神经的损伤。
　　实施先天性肌性斜颈的手术，通常选择全麻，这是一种比较安全的手术方法。