发病原因
　　健康人在消化间期表现为特征性的移行性复合运动波(MMC)，其中MMC Ⅲ期起清道夫的重要作用，餐后进入消化期，近端胃呈适应性舒张，容纳食物，远端胃收缩，蠕动，消化食物，使其变为细小的颗粒，胃窦，幽门与十二指肠的协调运动在排空过程中起重要作用，功能性消化不良患者的胃窦，幽门与十二指肠动力异常，不仅存在于消化期，而且见于消化间期，后者包括MMC Ⅲ期出现次数减少，MMCⅡ期的动力减弱和十二指肠胃反流等，因此患者空腹就有症状，餐后也不减轻，甚或加重。
　　发病机制
　　功能性消化不良的病因和发病机制至今尚不完全清楚，可能与多种因素有关，目前认为，上胃肠道动力障碍是主要的病理生理学基础，精神因素和应激因素也一直被认为与其发病有密切关系，功能性消化不良患者存在个性异常，焦虑，抑郁积分显著高于正常人群和十二指肠溃疡组。