克罗恩病（Crohn病）与肠结核临床表现及病理改变十分相似，常造成误诊，即使做活检也有误诊的可能，应引起临床医生的注意。两病的主要区别：①肠结核患者常并发肺结核；②Crohn病引起的不完全肠梗阻、肠瘘、器官脓肿比肠结核更常见；③Crohn病病程长、抗结核治疗无效；④肠结核与Crohn病都以回盲部最常见，但X线检查肠结核多见回盲部的缩短，而Crohn病少见。内镜检查肠结核多见环形溃疡，而Crohn病多见纵形溃疡；⑤肠结核组织活检可见干酪样坏死性肉芽肿或结核菌，Crohn病可见肉芽肿改变而无干酪样坏死性及结核菌。