目前尚无治愈克罗恩病（以下简称CD）的方法。关于疾病预后的问题实际上主要是关心患者在今后相当长一段时间内与相同年龄、性别的无疾病人群相比会如何。

　　每个CD患者的病程之间存在很大差异。国外的研究发现在指定的一个观察年中，大约有55％患者处于临床缓解，15％患者处于轻度活动期，而30％正饱受重度活动性疾病的困扰。因此，关于疾病预后的问题必须是以一个真实的人群为基础的患者群来获得，这些患者才能代表所有的疾病类型（各种活动度、病变范围），而不是通过某个医院人群或某个外科中心病例（这类病例通常病情较重，并不能反映整体患者的情况）。

　　在上世纪60-70年代，Truelove and Pena完成了第一个炎症性肠病患者流行病学的研究。他们将患者分为“新发病例”（诊断和治疗都是在同一家地区性医院）和“选择病例”（选择在上一级医院治疗的患者）。作者发现新发病例在10年后的生存率高于选择病例。

　　随后的人群研究结果存在一定差异，结果从死亡率不受影响到轻度增高。进一步分析发现观察到的增高死亡率与CD的病变范围、病程、女性有关。除了与CD本身的特点有关外，还有部分患者死于其他胃肠道、肝脏、胆道疾病以及肺部肿瘤。

　　在所有死亡患者中，与CD疾病本身相关的约占30％。这部分患者死亡原因分为两类，一是发生在疾病早期，与临床或外科手术并发症有关；第二类发生于疾病晚期主要死于肠道肿瘤。到目前为止，应用免疫抑制剂/生物制剂是否能改变CD患者总体死亡率和或死亡病因尚无定论。这些治疗可能通过减少手术率从而减少术后死亡率，但同时应权衡因治疗不良反应可能增加死亡风险。