世界上的乙肝携带者中，多数是HBeAg阴性的，阳性的患者仅仅流行于年轻人，最近一个社区调查表明，e抗原阴性的慢性HBV感染占总感染的70％-100％，e抗原的消失常常伴随肝炎生化和组织学改善，并出现明显的HBV复制的抑制，但是为什么会出现e抗原消失呢?经过基因测序技术研究，这些患者残留病毒多数是变异的失去了产生e抗原的能力，少数是这种变异株与野生株的杂合病毒群。

　　过去用经典杂交方法发现很少有e抗原阴性患者HBVDNA阳性，但经过目前敏感的PCR和巢氏PCR方法检测，多数这种e抗原阴性患者HBV DNA是阳性的。

　　当HBV发生前C区变异会出现e抗原阴性的慢性感染，这是主要的e抗原阴性病因，有两种可能要考虑：

　　1、这种HBV序列是一种稳定的能够引起肝炎和慢性化的病毒。

　　2、这种情况不过是典型的野生型HBV感染过程中的一部分，最终被免疫清除期选择出来的一种病毒序列。很快，第一种可能被临床和实验均推翻，数据显示和野生型相比，这种病毒几乎不能建立慢性感染，e抗原阴性的母亲以及从e抗原阴性的成人哪里获得的感染不会慢性化。这种前C区变异的病毒只能引起急性肝炎和爆发性肝炎。

　　在免疫清除期，似乎野生型的HBV与前C区变异病毒相比更容易被清除，这很可能和野生型病毒复制能力无关而和宿主的免疫在免疫耐受期对这种野生病毒清除能力下降有关。E抗原在循环中出现是引起宿主免疫耐受病毒最重要的因素。

　　已经有证据表明e抗原有特殊的免疫耐受能力。推测其在妊娠期间通过胎盘到达胎儿身体引起慢性感染。

　　E抗原引起机体抗病毒免疫下降有两个机制。

　　1、是提高Th2免疫反应、

　　2、是降低Th1细胞免疫引起的凋亡反应。

　　目前不清楚的是，是什么因素，在慢性感染的什么时间点，引起免疫耐受的消失而对抗野生型HBV并清除HBe抗原?一旦发生这种情况，野生型就会被清除，而e抗原阴性的变异就会被这种免疫压力选择，并加速其成为患者体内主要的病毒群。

　　但是为什么消失e抗原的病毒会被这种情况选择，从而突破野生株成为优势株还不清楚。清楚的是假如没有免疫介导的肝细胞损伤，e抗原阴性变异就不会被选择。在e抗原阳性，病毒滴度很高，ALT正常的患者基因分析中很难发现病毒变异，因此，这种选择并不是最开始的时间，暗示在HBV的免疫清除期，最有可能是这种选择是继发于对野生HBV已经存在的免疫攻击。

　　E抗原阴性变异很可能有种特殊的生物学特性能够使它们在和野生型HBV相比之下更不容易被机体清除，这种优势可以总结如下：

　　1、HBeAg阳性野生型病毒感染患者开始的免疫压力可能是体液免疫介导的针对e蛋白特异的抗原表位的攻击，在e抗原被清除的前几年和清除期间可以检测到针对于e抗原空间和线性表位的抗体，这些抗体能够激发体液免疫形成对野生型e抗原阳性病毒的压力并能够通过抗体依赖的细胞毒性机制而造成肝损伤。然而，最近一个动物实验结果不支持这些特异性抗体对e抗原表达的感染肝细胞具有直接细胞毒作用。

　　2、CD4介导机制也可能与这种过程有关，Diepolder等人最近指出CD4阳性T细胞对e抗原的攻击比对c抗原攻击更强，因此，与变异株病毒感染肝细胞只表达HBcAg相比，野生型病毒感染细胞表达e抗原和c抗原能激发更强的CD4阳性T细胞介导的免疫清除作用，这种CD4阳性T细胞是一种效应细胞能引起体内肝脏炎症。肝细胞持续的对野生型病毒免疫压力会逐渐引起变异株病毒的筛出。

　　3、相比之下，细胞毒性T淋巴细胞的功能不很明确，因为e抗原和c抗原有共同的CTL表位，CTL细胞不能真正区分两种病毒蛋白。尽管这种情况会发生在高病毒复制期，但是e抗原血清转换后持续低水平病毒复制可能有利于e抗原阴性变异株的筛选，因为和只表达HBcAg的CTL表位细胞(变异株病毒)相比，同时表达e抗原和c抗原感染细胞(野生型病毒)其CTL表位更容易成为免疫攻击的靶位。一些最近的研究也证明在病毒c区的变异，删除或一些变化也能引起上文这种情况。

　　4、e抗原阴性变异除了以上免疫选择的可能，某些前C位点或BCP变异可能有病毒复制优势。在HBV基因型B, C, D,和E患者的1896位点由G变A不仅仅是制造一个中止密码子，而且会在HBV前基因组RNA的ε包鞘信号上出现新的碱基对，从而增加ε信号的稳定性，相比野生株而言也可以提高这些变异株的病毒复制效率。

　　如果是基因A型患者发生BCP变异也会引起类似现象，这种变异会在转录水平上降低HBeAg表达，可能同时提高病毒的复制效率。然而，目前此类的研究尚有争议，因为一些研究显示这种变异株有复制增加表现，而另外的研究结论却相反，最近一些研究发现病毒另外位点基因突变会改变病毒的复制能力，进一步研究e抗原阴性全部基因可能有助于明确病毒基因其它位点变化的重要性。

　　HBV一个独特的特点是产生分泌型的，非病毒组成成分的核蛋白，就是HBeAg。核衣壳，也就是HBcAg，为细胞内表达的蛋白，它们能够自我聚集组成包绕病毒基因和多聚酶的颗粒，成为病毒成熟的必要条件。相比之下，分泌的HBeAg在病毒生命周期的作用还不清楚，因为在病毒的感染和复制中都不需要这种蛋白存在。

　　一些学者猜测HBeAg可能具有免疫调节功能从而促进病毒持续感染。比如在HBeAg表达的转基因小鼠中证明HBeAg能穿过胎盘到非转基因后代体内导致Th细胞对HBeAg和HBcAg耐受，这因为Th细胞对两种抗原的交叉反应。这个情况发生机制可能导致HBeAg阳性母亲后代高慢性感染率(大于90％)的发生。

　　事实上，母婴传播的HBeAg阴性变异HBV常导致急性而非慢性感染。在土拨鼠慢性感染模型中也有类似发现。因此，保持分泌HBeAg可能是病毒的一种策略来保证母婴传播后持续的感染，这种来源的慢性感染在流行地区占主要的部分。

　　然而，HBeAg分泌在鸟嗜肝病毒中也存在，在这种情况下其与免疫耐受之间没有关系。并且，成人感染HBeAg阴性的变异HBV常常引起爆发性感染而不是多数成人感染野生株后相对良性的急性过程。此外，在HBV慢性活动性感染HBeAg阴性变异出现常会引起肝损伤加重和预后差。这些现象提示HBeAg除了在新生儿有免疫耐受作用外，也在成人慢性HBV感染中有调节免疫反应的功能。