1、咽鼓管功能不良：咽鼓管是中耳与外界环境沟通的唯一管道。咽鼓管具有调节鼓室内气压、保持与外界气压平衡，清洁和防御，防声等功能。目前认为除防声功能外咽鼓管的其它几种功能不良都可能是造成分泌性中耳炎的重要原因之一。
　　（1）咽鼓管阻塞：正常情况下，中耳内、外的气压基本相等。当咽鼓管由于各种原因出现通气功能障碍时，中耳的气体被黏膜吸收，中耳出现负压从而导致中耳黏膜的静脉扩张，通透性增加，血清漏出聚积于中耳，从而形成中耳积液。
　　①机械性阻塞：鼻咽部各种良性或恶性占位性病变（如：腺样体肥大、鼻咽癌、鼻咽纤维血管瘤等），鼻腔和鼻窦疾病（如：慢性鼻窦炎、巨大鼻息肉、肥厚性鼻炎、鼻中隔偏曲等），长期的鼻咽腔填塞，咽鼓管咽口粘连，代谢障碍性疾病（如：甲状腺功能减通等），以及很少见的鼻咽白喉、结核、梅毒和艾滋病等特殊感染均可因直接压迫、堵塞咽口或影响淋巴回流，咽鼓管管腔黏膜肿胀等引起本病。
　　②非机械性阻塞：小儿的腭帆张肌、腭帆提肌和咽鼓管咽肌等肌肉薄弱，收缩无力，加之咽鼓管软骨发育不够成熟，弹性较差，当咽鼓管处于负压状态时，软骨段的管壁甚易发生塌陷，导致中耳负压。细菌感染引起咽鼓管表面活性物质减少，从而致咽鼓管开放阻力加大，也被认为是分泌性耳炎的原因之一。
　　（2）清洁功能：咽鼓管的“黏液纤毛输送系统”，可能因细菌外毒素、放射性损伤、婴幼儿咽鼓管发育不成熟、先天性呼吸道黏膜纤毛运动不良、原发性纤毛运动障碍等等原因，不能正常将中耳及管腔内的分泌物、致病微生物、毒素排出，从而导致中耳炎。
　　（3）防御功能障碍：因老年人结缔组织通行性变、咽鼓管黏膜下方弹力纤维弹性降低、咽鼓管咽口的疤痕牵引等各种原因引起的咽鼓管黏膜皱襞的单向活瓣作用不良，都有可能引起分泌性中耳炎。
　　2、感染：目前认为分泌性中耳炎可能与低毒性细菌感染或细菌产生的内毒素、病毒感染及细菌感染治疗不彻底有关。
　　3、免疫反应：Ⅰ、Ⅲ型变态反应均可能引起分泌性中耳炎，可能与过敏引起的咽鼓管黏膜水肿，管腔阻塞有关。