慢性萎缩性胃炎病理表现为胃黏膜固有腺体从萎缩至减少或消失，与胃癌发生密切相关，常在腺体萎缩的基础上出现肠上皮化生等癌前病变，进而演变为胃癌。当已有明显的萎缩形成，难有药物发挥明显的作用，所以治疗的时机尤为重要。主要治疗方式有：
　　1、根除幽门螺旋杆菌。早在1994年WHO就将幽门螺旋杆菌（Hp）确定为胃癌发生的I级致癌物，根除Hp对防治慢性萎缩性胃炎癌变国际上已有共识。NCCN指南2009年中国版第二版特别提到Hp的治疗问题：如果检测阳性，需要进行治疗。已有报道认为根除Hp有助于萎缩性胃炎的改善。
　　2、增强胃黏膜的防御功能。慢性萎缩性胃炎的病理形成主要是长期的炎症刺激引起多个腺体结构的破坏，因此增强胃黏膜的防御和修复是治疗的关键。目前临床使用的胃黏膜保护剂包括硫糖铝、铋剂和前列腺素药物，主要机制是通过黏附在胃黏膜进而防止胃酸和胃蛋白酶破坏黏膜屏障、促进前列腺素合成和表皮生长因子分泌。
　　3、补充抗氧化剂。已有研究发现长期补充抗氧化维生素（维生素C和维生素E）、叶酸和β胡萝卜素对预防和阻断慢性萎缩性胃炎有一定作用。目前Hp根除与抗氧化剂的联合应用广被看好。
　　4、中医药治疗。主要选用保护胃黏膜、消炎抑菌、收敛止血、促进愈合、消肿化瘀、开胃止痛的方剂，改善萎缩腺体的血液循环和新陈代谢，以恢复胃内酸性环境。