巨结肠诊断一经确立，应在保证安全的情况下择期手术，否则可使病变肠段所累及的正常肠管发生代偿性病理改变，手术中可能被迫切除而不能再生，此外，延迟手术也必然造成患儿的生长发育明显甚至严重滞后于正常同龄儿童。部分短段和超短段病人可以采用保守治疗的方式。
　　1、改良soave术（经肛门巨结肠根治术）：近十年来，该手术方式已经在全世界普及，由于手术设计更加符合病理生理解剖，手术方法愈发简单安全，术后并发症及后遗症明显减少，使得soave术式被广泛的接受。术中经肛门拖出并切除病变肠管，同时适当切除近端严重扩张、肥厚的“正常”结肠，将结肠断端与齿状线上肛管切缘缝合固定以恢复肠道的通畅性。
　　2、一期肠造瘘术： 合并巨结肠危象、部分长段型巨结肠、其他原因无法耐受一次性手术根治的病人应分期手术，先行肠造瘘术，造瘘位置应选择扩张肠段处，通常造瘘术后月后再行手术根治。
　　3、经腹或经腹腔镜微创方法辅助巨结肠根治术：如遇病变痉挛肠管较长或肠管局部粘连严重、结肠系膜较短张力较高等情况，术中肠管继续拖出有困难，可以经腹或腹腔镜辅助结扎切断结肠系膜二级血管以方便肠管拖出根治。
　　4、Duhamal巨结肠根治术： 传统的手术方式，手术方法相对复杂，需要特殊的金属器械辅助，由于手术设计的缘故而遗留有部分的病变肠壁不能被完全切除，术后并发症及后遗症较多，常有污粪的表现，自主排便稍差，目前已经弃用，国内部分落后城市及地区仍在延用。
　　5、Thomas术 Rehbein术 Swenson术等： 现在已经很少采用。