先天性巨结肠的诊断手段主要有直肠测压、钡剂灌肠造影和直肠病理活检。当然临床表现和体格检查是最基本的诊断依据。特别是直肠指检对诊断和排除巨结肠有重要意义。

　　直肠指检可以帮助判断直肠肛门的发育和病变情况，以便排除由于直肠肛门发育异常、畸形或后天因素导致的排便困难。直肠指检若感觉有狭窄环或手指拔出后大便呈爆破样喷出，则可提醒我们怀疑巨结肠。

　　肛门直肠测压主要是测量内括约肌的松弛反射能力和肛管压力。正常人要排便时，内括约肌松弛大便才能排出，而巨结肠患者由于神经节细胞的缺如不能产生内括约肌松弛反射。肛门直肠测压正是利用这个原理来模拟排便时能否产生内括约肌松弛反射来帮助诊断巨结肠的，新生儿期这个检查有一定的假阴性率和假阳性率，随着年龄增大，准确率越来越高，年龄在2个月时，准确率达到90％以上。

　　当怀疑先天性巨结肠，做X线钡剂灌肠造影主要是帮助医生获得患儿病变肠管的长度和肠管继发性扩张的程度等信息，以便让医生决定治疗方案和手术方案，所以应该做这个检查。现在的X光机辐射量都比较少，对患儿影响不大。钡剂主要通过肛门注入结肠，做完后通过洗肠排除干净，只要不发生肠穿孔引起腹膜炎，对宝宝没有什么影响。

　　值得注意的是，腹部B超目前情况下不能诊断先天性巨结肠。如果宝宝的便秘症状持续存在，经过各种调理和保守治疗方法也不能改善，钡剂灌肠造影检查不能显示明显的肠道形态学改变，肛门直肠测压检查的结果也模棱两可，这时候就要考虑做病理活检。病理活检的方法主要有两种，一种是直肠黏膜活检，另外一种是直肠全层活检。其中，直肠粘膜活检可以在手术室麻醉下做，也可以在病房做，关键是取得组织足够大，病理医生有较丰富的诊断经验，才能有较好的诊断率，同时直肠黏膜活检也有肠出血和肠穿孔的风险。如果直肠黏膜活检也不能诊断，或者患儿因肠梗阻等各种原因需要剖腹手术时，就可以做直肠全层活检，这是巨结肠诊断的金标准，也是最后的手段。